【中小企業向け】事業承継・M&A補助金の完全ガイド｜支援内容・上限額・申請の流れ

後継者不足や経営資源の分散に悩む中小企業にとって、事業承継・M&Aは重要な経営戦略です。国が支援する事業承継・M&A補助金は、中小企業や個人事業主がM&Aや事業引継ぎにかかる費用の一部を支援する制度であり、企業の持続や成長を後押しします。本記事では、補助金の概要から申請の流れ、注意点までをわかりやすく解説します。

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1. 中小企業の経営資源を次世代へ繋ぐ事業承継・M&A補助金の制度概要

事業承継・M&A補助金は、中小企業や小規模事業者が事業承継やM&Aを行う際に発生する費用の一部を支援する制度です。この補助金は、中小企業の事業承継を促進し、経営資源の引継ぎを円滑に進めることで、日本経済の活性化に貢献することを目的としています。制度の概要と、2つの支援区分について解説します。

1.1. 「経営資源引継ぎ型」と「専門家活用型」：自社に最適な支援区分の判別

事業承継・M&A補助金は、大きく分けて「経営資源引継ぎ型」と「専門家活用型」の2つの支援区分があります。

• 経営資源引継ぎ型：事業承継を契機とした設備投資や新たな取り組みを支援
• 専門家活用型：M&Aにおける専門家活用費用を支援

自社の状況や目的に合わせて、最適な支援区分を選択することが重要です。例えば、事業承継後の設備投資を考えている場合は「経営資源引継ぎ型」、M&Aを検討している場合は「専門家活用型」が適しています。

1.2. 補助対象となる中小企業の定義と「みなし大企業」除外規定の確認

補助対象となる中小企業の定義は、中小企業基本法に準拠しており、業種や資本金、従業員数によって異なります。また、「みなし大企業」に該当する場合は、補助対象から除外される規定があるため、注意が必要です。自社が中小企業の定義に合致するかどうか、事前に確認しておきましょう。

1.3. 2025年度の予算動向と事業承継・M&A補助金が重視する政策的背景

事業承継・M&A補助金は、中小企業の後継者不足という深刻な課題を解決するために創設されました。2025年度の予算動向としては、M&A後の経営統合を支援する「PMI推進枠」が新設され、M&Aの活用促進とその後の統合プロセスの支援強化に重点が置かれています。

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2. 中小企業が受給できる事業承継・M&A補助金の上限額と補助対象経費

事業承継・M&A補助金では、支援区分や事業規模に応じて、受給できる補助金の上限額が異なります。また、補助対象となる経費も細かく定められているため、事前に確認しておくことが重要です。上限額、対象となる経費について解説します。

2.1. 仲介手数料からデューデリジェンス費用まで：委託費の計上ルールと上限

専門家活用型では、M&A仲介手数料やフィナンシャルアドバイザー（FA）費用、デューデリジェンス（DD）費用などが補助対象となります。ただし、仲介手数料やFA費用については、「M&A支援機関登録制度」に登録された支援機関への支払いのみが対象となる点に注意が必要です。

2.2. 設備投資や店舗解体も対象となる「経営革新」・「廃業支援」の枠組み

経営資源引継ぎ型では、事業承継後の経営革新に必要な設備投資費用や、廃業支援に必要な店舗解体費用などが補助対象となります。これらの費用を補助することで、中小企業の事業承継後の新たなスタートを後押しします。

2.3. 消費税の取り扱いと自己負担額：実質的なキャッシュアウトのシミュレーション

補助対象経費には、消費税は含まれません。補助金は、あくまで経費の一部を補填するものであり、全額を賄うものではありません。自己負担額を事前にシミュレーションし、資金計画を立てておくことが重要です。

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3. 事業承継・M&A補助金を確実に活用するための中小企業向け申請スケジュール

事業承継・M&A補助金を活用するためには、申請スケジュールの把握が不可欠です。補助金の公募は、通常、年に数回行われ、それぞれ申請期間や交付決定時期が異なります。申請から交付までの流れと、申請スケジュールについて解説します。

3.1. GビズIDプライムアカウントの取得と電子申請システムの操作手順

事業承継・M&A補助金の申請は、電子申請システム「jGrants」を通じて行います。申請には、事前にGビズIDプライムアカウントを取得する必要があります。アカウントの取得には時間がかかる場合があるため、早めに手続きを行いましょう。

3.2. 認定経営革新等支援機関との連携と「確認書」発行のタイムリミット

経営革新枠の申請には、認定経営革新等支援機関（認定支援機関）による事業計画の確認と確認書の発行が必要です。認定支援機関との連携には時間がかかる場合があるため、早めに相談し、準備を進めることが重要です。

3.3. 交付決定前の事前着手禁止ルールとM&A成約タイミングの調整実務

補助事業は、交付決定後に開始する必要があります。交付決定前に契約・発注した経費は、補助対象となりません。M&Aの成約時期と交付決定時期を調整し、補助金を有効活用できるように計画を立てましょう。

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4. 採択後の中小企業が直面する事業承継・M&A補助金の実績報告とPMI

補助金が採択された後も、実績報告や事業化状況報告など、様々な手続きが必要です。補助金受給の最終ハードル、実績報告と、その後のPMIについて解説します。

4.1. 補助金受給の最終ハードル：実績報告書類の整備と証憑管理の徹底

補助事業が完了したら、実績報告書を提出する必要があります。実績報告書には、補助対象経費の支出を証明する証憑（領収書、契約書、請求書など）を添付する必要があります。証憑の不備は、補助金受給の妨げとなるため、日頃から適切に管理しておきましょう。

4.2. 交付後の事業化状況報告：付加価値額成長率の達成義務と返還リスク

補助金交付後も、一定期間（通常3〜5年）にわたり、事業化状況を報告する必要があります。事業計画で設定した付加価値額成長率を達成できなかった場合は、補助金の返還を求められる可能性があります。事業計画の実現に向けて、着実に事業を進めていきましょう。

4.3. シナジー最大化に向けたPMI（ポストM&A）と補助金の相乗効果

M&A後のPMI（経営統合プロセス）を適切に行うことで、M&Aの効果を最大限に引き出すことができます。PMI推進枠を活用し、専門家の支援を受けながら、組織文化の融合や業務プロセスの統合を進めることで、M&Aの成功に繋げることができます。

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5. 事業承継・M&A補助金以外の支援策：中小企業庁の取り組み

事業承継・M&Aを支援する制度は、補助金だけではありません。中小企業庁は、事業承継ネットワークや税制優遇措置など、様々な支援策を提供しています。補助金以外の支援策についても解説します。

5.1. 中小企業基盤整備機構の支援：事業承継ネットワーク

中小企業基盤整備機構は、全国の事業承継・引継ぎ支援センターと連携し、事業承継に関する相談やM&Aのマッチング支援を行っています。専門家によるアドバイスや情報提供を受けることで、事業承継を円滑に進めることができます。

5.2. 税制優遇措置：事業承継税制の活用

事業承継税制は、後継者が事業を承継する際の相続税や贈与税の負担を軽減する制度です。税制優遇措置を活用することで、事業承継に伴う資金負担を軽減し、後継者の事業承継を後押しすることができます。

5.3. 都道府県の支援策：地域ごとの特色ある補助金

各都道府県も、地域経済の活性化を目的に、独自の事業承継支援策を提供しています。都道府県の支援策は、地域ごとの産業構造や課題に対応した内容となっており、よりきめ細やかな支援を受けることができます。

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まとめ

事業承継・M&A補助金は、中小企業が事業承継やM&Aを円滑に進めるための強力な支援制度です。補助金を活用することで、専門家への依頼費用や設備投資費用などの負担を軽減し、事業承継後の経営を安定させることができます。

申請には、GビズIDの取得や事業計画の策定など、事前の準備が不可欠です。また、補助金交付後も、事業化状況報告などの義務があります。本記事を参考に、事業承継・M&A補助金を有効活用し、事業の持続的な発展を目指しましょう。

• 事業承継・M&A補助金は、事業承継やM&Aを促進するための国の支援制度
• 経営資源引継ぎ型と専門家活用型の2つの支援区分がある
• 補助上限額や補助対象経費は、支援区分や事業規模によって異なる
• 申請には、GビズIDの取得や事業計画の策定などの準備が必要
• 交付後も、事業化状況報告などの義務がある

事業承継・M&Aは、企業の未来を左右する重要な決断です。補助金制度を賢く活用し、専門家のアドバイスを受けながら、最適な事業承継・M&Aを実現しましょう。未来を見据えた経営戦略で、さらなる成長を目指してください。